10년 전 발생한 화재로 부모님을 잃은 시로는 마술사 에미야 키리츠구의 양자로 살게 된다. 정의의 사자가 꿈이었던 시로는 곤경에 빠진 사람을 그냥 두지 못하는 성격으로 성장한다.

마토 신지의 부탁으로 궁도부 도장을 청소하던 시로는 괴한들이 싸우는 장면을 목격하게 된다. 괴인에게 공격당한 시로는 죽을 위기에 처하고 만다.

자신을 공격했던 괴한이 집까지 쫓아오자, 시로는 얼떨결에 세이버를 소환하게 된다. 때마침 나타난 토오사카 린은 시로에게 성배 전쟁에 대해 말해준다.

시로 앞에 버서커라는 거구의 서번트를 부리는 이리야라는 소녀가 나타난다. 세이버에 궁지에 몰리자, 시로는 세이버를 구하기 위해 몸을 날린다.

시로는 세이버를 사쿠라와 타이가에게 키리츠구의 먼 친척으로 소개하기로 한다. 학교에 간 시로는 린의 태도가 바뀌었다는 것을 알게 된다.

린에 의해 령주를 빼앗길 위험에 처한 시로는 누군가의 비명소리를 듣게 된다. 쓰러진 여학생을 발견한 시로는 새로운 서번트에게 공격을 당하게 된다.