천공 격투장에서 배틀 올림픽을 관람하던 곤과 일행은 정체를 알 수 없는 무리의 습격을 받는다. 강력한 힘을 가진 괴한들은 과거 헌터 협회의 비공식단체인 그림자의 후예로 밝혀진다. 그들은 헌터 협회의 어두운 과거를 폭로하고 복수를 하기 위해 수장인 네테로를 납치한다. 헌터의 세계를 지키기 위해 곤, 키르아, 크라피카 그리고 레오리오는 그림자들과 치열한 대결을 펼친다.