21세기 중엽 일본은 4개의 경제권에 의해 분할통치되었다. 예속국이 된 일본에서 태어난 소년 시이바 아모우는 울적한 나날을 보내던 중에 어느 날, 풀숲에 버려져 있던 자율사고형 AI 가이와 만나는데...

오세아니아 연합군의 공격에서 벗어난 아모우는 가이, 켄부와 함께 도망치는 나날을 보내고 있었다. 익숙지 않은 매일에 아모우의 피로는 쌓여만 갔다. 배가 고파 견딜 수 없던 어느 날, 아모우는 산속에서 작은 밭을 발견하는데...

아시아군의 습격 받은 아모우를 위기에서 구한 것은 본 적이 없는 어메임이었다. 그 기체는 뛰어난 전투력으로 곧장 아시아군의 무인기 부대를 쓰러뜨렸다. 그리고 수수께끼의 기체는 아모우와 가이에게 지도 데이터를 보내왔는데...

야타가라스'의 주둔지를 습격한 정체불명의 검은 어메임. 돌발 사태에 서둘러 도망치는 대원들. 영문을 몰라 대응할지 못하던 아모우의 옆에서 가신은 검은 어메임을 노려 보며 말했다. '저 녀석은, 저 기체는...!'

리사의 고향에 찾아온 아모우와 가이. 그곳에서 리사의 소꿉친구들의 환영을 받은 아모우는 그들의 친절에 마음이 따뜻해지는 것을 느낀다. 하지만, 그 마을에서도 아시아군의 일본인에 대한 부조리한 탄압이 행해지고 있었는데...

켄부, 조간의 수리용 부품을 받기 위해 아시아 자유 무역 협상의 지배권에 있는 도시에 찾아온 아모우와 가신. 그러던 중 도시에 쳐들어오는 오세아니아군. 주민들을 피난소로 유도하는 아시아군이었지만 많은 일본인들이 아직 전투 지역에 남겨진 상태였는데...