지난 밤 미술관에 등장한 괴도 키드에 대해서 친구들과 얘기 중인 나카모리 아오코. 소꿉친구인 쿠로바 카이토는 마술로 아오코를 놀리고 이에 화가 난 아오코는 괴도 키드를 이길 수 없을 거라면서 카이토를 도발한다. 이에 카이토는 괴도 키드를 잡겠다고 반 아이들 앞에서 선언한다. 한편, 8년 만에 다시 등장한 괴도 키드로 경찰청은 대혼란, 특히, 아오코의 아빠인 나카모리 반장은 괴도 키드 전담 형사로 괴도 키드 사건에 사활을 건 인물. 나카모리 반장은 괴도 키드를 체포하겠노라 다짐한다. 아버지이자 세계 최고의 마술사인 쿠로바 도이치가 괴도 키드임을 알게 된 카이토. 그리고 아버지의 죽음이 사고가 아닌 괴도 키드의 일 때문이라는 사실을 알게 된다. 이에 카이토는 아버지의 조수였던 지이와 재회하며 아빠의 죽음의 진상을 파헤치기 위해 제2대 괴도 키드가 되기로 결심하는데...

카이토는 괴도 일에 천부적인 재능을 보이며 경찰을 보기 좋게 따돌린다. 어느 날, 이동 중인 카이토 근처의 공중전화가 울린다. 수화기 너머의 사람은 괴도 키드가 위험해질 거라고 경고하지만 카이토는 개의치 않고 보석을 훔치러 간다.

지이는 겉으로 보기에는 평범한 당구장을 운영하는 사람처럼 보이지만, 사실 그는 괴도 키드의 조수다. 그가 운영하는 당구장이 깡패 조직의 술수에 휘말려 폐쇄될 위기에 처하자 카이토는 지이를 도와주기로 한다.

하쿠바는 영국 런던에서 일본어로 온 유학생으로, 아직 어린 나이지만 여러 사건들을 해결하는 명탐정으로 세간에 알려져 있다. 카이토는 명화를 훔치려던 어느 밤 하쿠바와 결찰이 같이 있는 것을 본다. 하지만 기세에 눌리지 않고 카이토는 괴도 일에 나선다.

지이는 옛날부터 마술사와 마법사 사이에는 악연이 있었다는 이야기를 카이토에게 알려준다. 밸런타인데이를 맞아 아오코는 카이토에게 초콜릿을 주려고 한다. 전학생 아카코는 마술사가 아닌 마법사로, 카이토가 자신에게 매료되지 않는 걸 보고 크게 놀란다.

이번에 훔칠 물건은 블랙 스타라고 불리는 아름다운 검은색 보석이다. 지이는 카이토가 위험해질까 봐 걱정하지만, 카이토는 괜찮다고 하면서도 전에 있었던 절체절명의 순간을 떠올린다. 그 과거의 기억에는 나카모리 반장 외에 한 명의 탐정이 더 있다.