근미래, 지구 연합군과 우주 이민자들로 구성된 자프트군 사이의 전쟁이 시작된다. 자프트군은 연합군이 비밀리에 개발 중인 무기 G를 빼앗으려 하고, 코디네이터 키라는 자프트군에 맞서 싸운다. 그런데 키라는 자프트 군인들 중 한 명이 자신의 옛 친구 아스란이란 사실을 알게 된다.