일상의 작은 일에 행복을 느끼는 평범한 간판 공장 직원 제하에게 어느 날 한 통의 전화가 걸려온다. 의뢰가 들어온 대선 후보의 홍보 현수막 수리 작업을 하던 제하는 우연히 대선 후보 장세준의 밀회 장면을 목격하고 만다. 제하는 곧 제거 대상이 되어 사병집단에게 쫓기기 시작한다.

장세준의 아내 유진은 어떻게든 제하를 제거하기 위해 공권력까지 동원하여 그를 쫓기 시작한다. 자신을 잡기 위해 주변인들까지 위험에 빠트리는 장세준의 무리에 더 이상 참을 수 없게 된 제하는 반격에 나선다. 사람들의 눈을 피해 스페인에서 유배 생활을 하던 장세준의 숨겨진 딸 안나가 우연히 찍힌 한 장의 사진으로 인해 한국에 들어오게 된다.

제하를 쫓던 유진이 되려 제하의 인질이 되어버린다. 의문의 살수들의 제하를 쫓기 시작하며 두 사람은 위기에 놓인다. 세준은 이를 자신의 선거에 이용하려들고, 그의 경쟁자 박관수는 세준을 잡기 위한 음모를 꾸미기 시작한다. 박관수와 제하의 과거에 얽힌 비밀이 하나씩 드러난다.

박관수를 향한 복수를 눈앞에 둔 제하에게 뜻밖의 돌발 사건이 발생한다. 위기에 처한 제하 앞에 유진이 나타나 도움의 손길을 내민다. 유진의 도움으로 가까스로 목숨을 구한 제하는 신분 세탁 후 유진의 회사인 JSS에 출근하게 된다. 제하에게 K2라는 암호명이 주어진다.

제하는 JSS 요원이 되어 다시 평범한 생활로 돌아간다. 엄청난 활약을 보이며 JSS에서 대체 불가능한 요원이 된 제하는 퇴근 후 해가 지면 안나의 집으로 향해 안나가 세상 밖으로 나가지 못하도록, 그리고 세상이 안나의 존재를 눈치채지 못하도록 안나의 일거수일투족을 감시한다.

JSS의 사무실에는 정계와 재계의 모든 기밀을 취합하고 있는 클라우드 나인이라는 숨겨진 공간이 있다. 유진은 완벽한 방음과 보안 시스템을 갖춘 자신만의 공간인 클라우드 나인에 제하의 출입을 허락한다. 클라우드 나인에 들어간 제하는 이라크에서 일어난 그날의 사건의 진실을 파헤치기 시작한다. 한편, 안나는 장세준을 직접 찾아가기로 한다.