마법소녀를 동경하는 히이라기 우테나는 어느 날, 수수께끼의 마스코트 베나리타를 만난다. 베나리타의 힘으로 마법소녀로 변신할 수 있게 되었다고 생각한 우테나는 마음이 설레었다. 하지만, 변신 후의 모습은 마법소녀와는 거리가 먼, 악의 조직의 여간부 그 자체였는데?!

엉뚱한 계기로 악의 조직 '에놀미타'의 여간부가 돼버린 히이라기 우테나. 그녀는 트레스 마지아와의 싸움 속에서 감춰져 있던 S에 각성했고, 새로 배운 플레이를 아주르 일행에게 시험한다. 그리고 그 플레이에 몸부림치는 마법소녀들의 모습을 보고, 베제는 쾌감을 느꼈는데......!

에놀미타의 활동 거점인 '나하트 베이스'에서 우테나가 오기를 기다리고 있던 아라가 키위이자, 레오팔트. 아무래도 그녀는 마법소녀를 싫어해서 마법소녀에게 지고도 실실 웃었던 베제를 적대시하고 있었다. 하지만, 베제의 한마디에 마음을 빼앗기고 말았는데.

트레스 마지아의 활동은 악의 조직 '에놀미타'를 쓰러뜨리는 것뿐 아니라 미디어 활동을 하는 등 다방면에 걸쳐 있었다. 그러던 어느 날, 잡지 촬영을 하던 장소에 언제나처럼 베제와 레오팔트가 나타났다. 거리의 평화를 지키기 위해 세 사람은 배틀에 나섰는데.

다시 베나리타의 호출을 받은 우테나와 키위. 두 사람이 나하트 베이스에 도착해 보니 '에놀미타'에 새로 가입한 모리노 코리스, 빌런 명 네로 앨리스가 있었다. 베나리타는 네로 앨리스의 힘이 어떤 것인지를 우테나와 키위에게 보여주기 위해 트레스 마지아 3인을 유인했는데.

공원에서 혼자서 놀고 있던 코리스에게 말을 건 하루카. 두 사람은 인형으로 소꿉놀이를 할 정도로 친해졌다. 하지만, 하루카카 먼저 집으로 돌아가서 외로움을 느끼던 코리스는 어떤 방법을 생각해 내고 변신했는데.......