은하계 저편 애니멀 트론 종족이 살고 있는 애니멀 플래닛, 애니멀 트론의 왕자 라이온과 그의 친구 코라는 봉인되어 있던 에그킹들의 알이 지구로 떨어지자 다시 에그킹을 봉인하기 위해 지구로 향한다. 함께 사악한 몬스터 에그킹에 맞서 싸우며 어려움을 헤쳐나가는 미니 특공대 애니멀 트론의 이야기가 시작된다.