셋쇼마루의 쌍둥이 딸인 토와와 세츠나는 어린 시절 산불로 인해 헤어지게 된다. 시대수로 인해 미래로 가게 된 토와는 카고메의 동생 소타의 양녀가 되고, 전국시대에 남은 세츠나는 요괴 퇴치사로 성장한다. 10년 후, 토와는 세츠나와 다시 만나게 되고 이누야샤의 딸 모로하와 함께 시공간을 넘나드는 모험을 시작한다.