경비가 삼엄한 외국 병원에 검은 망토를 두른 수상한 남자가 나타난다. 그의 이름은 블랙 잭. 엄청난 치료비를 받고 어떤 수술도 성공시키는 무면허 천재 외과 의사다. 블랙 잭을 그곳으로 부른 사람은 일본의 법무장관 후루카와 마사후미. 사실 그의 아들인 후루카와 하야토는 여행 중에 위험 약물을 복용하고 운전하다가 사고를 일으켜서 모든 장기가 심하게 손상된 상태다. 장관은 방금 발생한 기증자의 장기를 모두 이식해서 하야토의 목숨을 구해달라고 한다. 그런 후루카와에게 블랙 잭은 ‘아드님의 목숨값은 얼마입니까?’라고 물은 후에 합의하고 극비 수술을 맡게 되는데...