평온하고 차분한 소시민이 되고 싶은 고바토 조고로와 오사나이 유키가 성공적으로 같은 고등학교에 진학한 가운데, 고바토가 어느 날 교내 절도 사건에 휘말리고 만다.

고바토가 오사나이와 협력관계를 맺는다. 한편, 그저 평범한 소시민이 되고 싶은 두 친구에게 예기치 못한 일들이 계속해서 일어난다.

중간고사 시험을 치던 도중 발생한 사건 때문에 스트레스를 받았다는 오사나이를 보던 고바토가 깜빡 두고 온 스마트폰을 찾으러 학교로 돌아간 김에, 다시 교실을 조사하기로 한다.

자전거를 도둑맞은 오사나이가 범인에게 복수를 계획하고 있다는 사실을 코바토가 알게 된다. 그리고, 머지않아 코바토는 해당 정보를 도지마에게 공유한다.

신문부에 설문지를 전달하러 간 고바토는 부장 도지마에게 수수께끼 푸는 것을 부탁받는다. 최근 학교 가까이에 오픈한 독일 빵집의 빵을 사서 그 중 머스터드가 들어간 빵을 먹는 부원이 취재 기사를 쓰기로 했지만 부원들은 모두 자신이 먹은 것은 머스터드가 들어간 빵이 아니라고 답한다. 내심 흥미가 생긴 고바토는 드디어 추리를 하기 시작한다.

여름 축제 날, 유카타 차림의 오사나이와 만난 고바토. 축제가 한창인 거리를 산책하다 헤어지기 전, 오사나이는 고바토에게 여름방학 계획에 대해 묻는다. 딱히 없다고 대답한 고바토는 왠지 안 좋은 예감이 든다. 그러자 다음날, 갑자기 고바토의 집에 찾아온 오사나이가 마을의 디저트 가게를 표시해둔 지도를 건네준다. 그것이 [오사나이 스위트 셀렉션 ・ 여름]의 시작이었다.