아키하바라를 거점으로 하고 있는 발명서클, 미래 가제트 연구소의 창립자인 오카베 린타로는 멤버인 소꼽친구 시이나 마유리와 함께 라디오회관 에서 열리는 나카마치 박사의 강연으로 향하게 되었다. 강연 도중 나카마치 박사가 주장하는 타임머신 이론에 이의를 제기한 오카베는 한명의 소녀에게 끌려 나가게 되는데…

나카마치 박사의 강연이 있던 라디오 회관에서 누군가에게 살해당한 마키세 크리스. 그러나 ATF에서 열린 세미나에 참석한 오카베 눈에 들어온것은 아무일도 없었던듯 강의를 하고 있는 크리스의 모습이었다. 분명히 살해 당했을터인 마키세 크리스가 살아있다…!! 이해를 넘어선 사건에 혼란스러운 오카베였지만, 변화는 그것뿐만이 아니었다.

해킹한 SERN 의 E-메일에 쓰여있던건 'Human is Dead, mismatch' 라는 실험결과. 그것은 반 장난으로 해킹을 시도했던 오카베와 다루에게 충격을 안겨주게 된다. 그들은 좀 더 깊은 곳을 알아보기 위한 해킹을 재차 시도하지만 수수께끼의 프로그램 코드에 막혀버리게 되는데…

SERN 해킹에 성공한 오카베는 미래 가제트 연구소 멤버들을 소집하고 원탁회의를 개최한다. 그리고 거기서 자신들이 우연히 발명한 '과거로 보내는 메일' 을 'D메일' 이라고 명명하게 되는데…