세계 각국의 부대가 하와이 제도에 집결했고, 미군의 티타노 스트라이드(TS) 파일럿인 루이스 스미스는 전투가 한창인 가운데 자위대의 에이스 파일럿인 이사미 아오와 만났다. 전투를 통해 이사미의 남다른 실력을 본 루이스는 그에게 일대일 승부를 신청했다. 하지만 약속 당일, 갑자기 소속 불명의 기체들에 의한 대규모 강습을 받아 평화로운 나날은 끝을 고했는데

어떻게든 궁지에서 벗어난 후, 각국 군대의 사령관들은 브레이번과 함께 작전 회의를 했다. 세계가 위기에 처해있다고 브레이번은 열변을 토했지만, 갑자기 나타난 정체불병의 존재를 신용할 수 없었던 킹 일행은 이에 어떻게 반응해야 할지 정하지 못했다. 한편 영문도 모른 채 브레이번에 탑승한 이사미는 적의 스파이로 의심받아 혹독한 고문을 받고 있었다. 갈수록 혼란스러워지는 상황 속에서, 새로운 적인 스펠비아가 노스 쇼어 해상에 나타났는데

브레이번한테 거절당해 내심 마음에 상처를 입었던 스미스는 해안가에서 수수께끼의 소녀와 마주쳤다. 그녀가 적과 관련 있는 인물은 아닌가 의심했지만, 갈 곳 없는 그녀를 내버려둘 순 없어 스미스는 그녀를 어딘가에 숨겼다. 한편 이사미는 억지로 브레이번에 타게 된 것에 대한 정신적 상처 때문에 콕핏 안에 틀어박혀 있었다. 그런 상황 속에서 살아남은 각국 군대는 브레이번을 기반으로 하는 다국적 임무 부대(ATF)를 결성해, 세계를 해방시키기 위한 전투를 준비했다. 하지만 ATF의 핵심이 되는 항공모함을 향해서 불온한 그림자가 다가오고 있었는데.

하와이를 해방시킨 다국적 임무 부대(ATF)는 다음 목적지를 일본으로 정했다. 각자가 전투에 대비해 준비를 진행하는 가운데, 스미스는 수수께끼의 소녀 루루를 감시할 것을 명령받았다. 하지만 그저 노는 것으로밖에 안 보이는 스미스에 대한 이사미의 불만은 점점 쌓여만 갔다. 그 모습을 보던 브레이번은 이사미를 데리고 어느 '좋은 곳'으로 향했는데.

일본 구출 탈환 작전까지 1주일, ATF의 태평양 횡단 중 이사미는 부담감을 느끼면서도 주위에 감정을 숨기고, 스미스는 그런 이사미와 어떻게든 이야기를 나누려 한다.

한발 앞서 일본에 상륙한 이사미, 브레이번 그리고 스미스는 생존자 탐색을 진행했다. 생존자가 없으면 부대를 완전히 상륙시키기 위해 사전 포격 공습이 실행될 거라고 들은 이사미 일행이 누구도 발견하지 못해 초조해하는 가운데, 스미스가 위기에 빠졌다. 힘든 상황 속에서도 포기하지 않는 이사미의 마음에 호응하듯이 브레이번의 새로운 힘이 각성했는데.