카모메 학원 고등부 1학년 야시로 네네는 학원에 전해오는 어떤 소문을 듣게 된다. 소중한 것과 바꾸는 대가로 소원을 이뤄주는 '화장실의 하나코 씨'. 어떻게 해서든 이루고 싶은 소원이 있었던 네네는 구 교사의 여자 화장실에서 하나코 씨를 불러낸다. 하지만 나타난 것은 남자아이의 유령이었는데!?

하나코 씨의 조수가 된 네네는 그날 이후로 매일같이 화장실 청소를 강요받게 된다. 한창때인 네네에게 있어서 방과 후를 화장실 청소로 보내는 것은 너무 잔혹한 일이다. 네네는 점점 하나코 씨에 대한 불신이 커지게 된다. 그러던 어느 날 학교 안에서 물건이 사라지는 사건이 연이어 발생한다. 그것은 학생들 사이에서 소문이 돌고 있는 '요정 씨'의 소행 같았는데...?

퇴마사 소년 미나모토 코우로부터 하나코 군이 생전에 저지른 죄에 대해서 듣게 된 네네. 기운이 없는 네네를 걱정한 친구 아카네 아오이가 갑자기 사라져 버린다. 반 친구들, 교사, 아오이의 엄마... 누구에게 물어도 그녀를 아는 사람은 없고 네네는 아오이를 찾기 위해 하나코 군에게 부탁한다. 하나코 군은 한 가지 짐작 가는 일이 있다고 말한다. 그것은 이계로 통한다는 소문이 있는 7대 불가사의 중 하나인 '미사키 계단'이었는데.

미사키 계단'의 괴이가 명령하는 대로 미사키의 신체를 찾고 있던 네네 일행. 하나하나 부위를 모아서 드디어 완성된 신체를 가지고 정상의 방까지 올라갔을 때 네네 일행을 기다리고 있던 것은...!?