카모메 학원 고등부 1학년 야시로 네네는 학원에 전해오는 어떤 소문을 듣게 된다. 소중한 것과 바꾸는 대가로 소원을 이뤄주는 '화장실의 하나코 씨'. 어떻게 해서든 이루고 싶은 소원이 있었던 네네는 구 교사의 여자 화장실에서 하나코 씨를 불러낸다. 하지만 나타난 것은 남자아이의 유령이었는데!?

하나코 씨의 조수가 된 네네는 그날 이후로 매일같이 화장실 청소를 강요받게 된다. 한창때인 네네에게 있어서 방과 후를 화장실 청소로 보내는 것은 너무 잔혹한 일이다. 네네는 점점 하나코 씨에 대한 불신이 커지게 된다. 그러던 어느 날 학교 안에서 물건이 사라지는 사건이 연이어 발생한다. 그것은 학생들 사이에서 소문이 돌고 있는 '요정 씨'의 소행 같았는데...?

퇴마사 소년 미나모토 코우로부터 하나코 군이 생전에 저지른 죄에 대해서 듣게 된 네네. 기운이 없는 네네를 걱정한 친구 아카네 아오이가 갑자기 사라져 버린다. 반 친구들, 교사, 아오이의 엄마... 누구에게 물어도 그녀를 아는 사람은 없고 네네는 아오이를 찾기 위해 하나코 군에게 부탁한다. 하나코 군은 한 가지 짐작 가는 일이 있다고 말한다. 그것은 이계로 통한다는 소문이 있는 7대 불가사의 중 하나인 '미사키 계단'이었는데.

미사키 계단'의 괴이가 명령하는 대로 미사키의 신체를 찾고 있던 네네 일행. 하나하나 부위를 모아서 드디어 완성된 신체를 가지고 정상의 방까지 올라갔을 때 네네 일행을 기다리고 있던 것은...!?

하나코에게 상으로 키스를 받은 네네. 그날 이후로 네네는 하나코 군을 의식하게 된다. 그때 하나코 군으로부터 방과 후에 만나자는 호출을 받는다. 불려간 장소는 성공률 100%로 소문이 자자한 고백의 나무 아래. 네네 드디어 첫 남자친구(유령) 탄생인가!?

초여름, 찌는 듯한 더위와 시끄러운 매미의 울음소리와 함께 등교하는 네네. 평소보다 조금 늦잠을 잤다 하지만 평소와 다름없는 아침. 아침 조회에 늦지 않게 도착해 한숨 돌리던 그때, 뒤에서 누군가가 말을 걸어왔다. 뒤를 돌아보니 그곳에 있는 것은 카모메 학원 교복을 입은 하나코였는데.