신입부원을 모집하고 있던 사립 세이린 고등학교 농구부에 눈에 띄는 두명의 루키가 입부하게 된다. 한 명은 농구의 본고장 미국에서 실력을 쌓은 카가미 타이가. 그리고 또 한명의 기적의 세대라 불리우며 최강으로 군림한 테이코 중학교 출신의 쿠로코 테츠야였다. 그러나 농구부의 감독인 아이다 리코야의 눈에 비친 쿠로코의 능력치는 카가미에 비해 너무 초라해 보였는데…

카가미라는 빛의 그림자로서 그를 일본 제일로 만들기로 결심한 쿠로코. 그렇지만 그가 농구 강호고교들로 진학한 다른 기적의 세대들과 달리 신설 세이린 고교에 진학한 이유는 과연 무엇일까? 그런 와중 기적의 새대의 한 명. 키세 료타가 속한 카이조 고교와의 연습시합이 결정된다.

드디어 카이조 고교와의 연습 시합날이 밝았다. 기적의 세대를 상대한다는 흥분감에 전날 잠조차 이루지 못한 카가미. 그러나 그들을 기다리고 있던 카이조 고교의 모습은 카카미와 세이린 고교 농구부가 생각하고 기대하던 모습과는 전혀 다른 것이었다.

카가미와 쿠로코의 활약으로 강호 카이조 고교와 대등한 시합을 벌이는 세이린 고교. 그러나 드러난 쿠로코의 약점, 그리고 제 실력을 보여주기 시작한 키세의 플레이 앞에 시합은 어려운 국면으로 접어들게 된다. 그러나 기적의 세대 키세에게도 약점은 존재하였는데...!

카가미와 쿠로코의 결정적인 콤비 플레이로 강호 카이조 고교를 꺾고 승리를 거머쥔 세이린 고교. 키세는 처음 맛보는 패배에 눈물을 흘리며 설욕전을 다짐하게 된다. 한편 이 시합을 지켜보고 있던 또 한 명의 기적의 세대가 있었다.

인터하이 예선전을 앞에 두고 농구부의 전력 향상을 꾀하던 리코는 부원들을 소집하여 1학년들에게 한 가지 특별한 미션을 전달한다. 과연 그 미션이란...?! 그리고 드디어 시작된 예선전. 세이린 고교의 첫 상대는 장신의 외국인 선수를 보유한 신쿄 고교였다.