노르웨이 오슬로로 향하고 있던 급행열차 베르겐이 주행 중에 갑자기 소멸되어, 3km 떨어진 곳으로 워프해 매우 큰 피해가 발생하는 사건이 일어났다. 이 불가사의한 현상은 천재 발명가 니콜라 테슬라의 유산이자, 초현실적인 힘이 담겨 있는 수정 '테슬라의 조각'의 소행이라고 추정됐다. 네고로 닌자의 후예인 여자 고등학생 네고로 보탄은 할아버지인 진고가 '테슬라의 조각'을 악용하는 걸 막기 위해 조직한 '일본 안전 진흥 주식회사'에 첩보원으로서 참가해 첩보 작전 '미션 T'를 발동해 사건의 진상을 쫓았는데...

열차 소실 사건을 일으킨 '테슬라의 조각'에는, 니콜라 테슬라가 발명한 고주파 · 고전압 발생 장치 '테슬라 코일'에 대한 기록이 내장되어있다고 전해지고 있었다. 그 파편이 폭주하면 다시 한번 주변 사물들이 워프하는 등 큰 피해가 발생할지도 모른다. 위기를 미연에 방지하기 위해 보탄과 쿠루마는 테슬라의 조각 회수에 나섰지만, 보탄 일행의 움직임을 어느 2인조가 감시하고 있었는데...

보탄 일행은 전 세계에 흩어져있다고 하는 '테슬라의 조각' 중 13번 조각을 도둑맞고 말았다. 테슬라의 조각을 훔쳐 간 것은, 이전부터 그 힘을 노리고 있었던 비밀 결사 조직 '작은 집'이 아닌가하고 진고는 추측했다. 노르웨이에서 일본으로 돌아온 보탄 일행은 테슬라의 조각의 행방과 작은 집의 움직임을 포착하기 위해, 쿠루마와 류노스케가 살고 있는 첩보원용 셰어하우스에서 같이 지내게 되었는데...

미국 시카고에서 '테슬라의 조각'이 의도적으로 사용된 것으로 의심되는 사건이 발생했다. 마피아 조직인 코라드 패밀리의 간부 4명 중 3명이 번개로 인해 감전사하고 말았다. 번개를 자유자재로 다루는 테슬라의 조각과 그것을 가지고 있는 암살자, 통칭 '프레기에라'를 찾기 위해 보탄과 쿠루마 일행은 시카고로 이동했다. 코라드 패밀리에 대한 정찰을 진행하던 중, 라이벌 조직인 블랙 블록과의 항쟁에 말려든 보탄 일행에게 위기가 닥쳐왔는데...

코라드 패밀리의 보스인 테오네를 노리고 있던 프레기에라의 정체는 그의 부하이자 신뢰하고 있었던 조직의 2인자 보제였다. 보제가 가지고 있는 테슬라의 조각 5번을 두고, 보탄을 비롯한 일본 팀에 더해 CIA 소속 올리버와 미키도 쟁탈전에 개입했다. 하지만, 테슬라의 조각의 힘으로 천둥을 자유자재로 다루는 보제에게 반격당해, 양 팀 모두 좀처럼 조각을 탈취할 기회를 노릴 수가 없었는데...

CIA와의 경쟁에서 이기고 보제에게서 테슬라의 조각 5번을 빼앗는 데 성공한 일본 팀. 하지만, 싸움의 무대가 된 시카고 빌딩 꼭대기 층에서 쿠루마는 누군가가 쏜 총에 맞아 쓰러지고 말았다. 보탄은 이에 동요했지만, 라이벌이었을 터인 미키가 CIA에서 그가 치료를 받을 수 있게 해주겠다고 제안했다. 생각지도 못한 제안에 순간 갈피를 잡지 못했지만, 쿠루마를 살리기 위해 일본 팀은 그 제안에 동의했다. 같은 시각, CIA도 일본 안전 진흥 주식회사도 아닌 제3의 세력이 테슬라의 조각을 빼앗기 위해 움직이기 시작했는데...