평범한 10대처럼 보이는 도사카 린은 세상 속에 숨어서 세상의 근원을 탐구하는 마술사의 일원이다. 린은 소원을 들어주는 성배를 얻을 수 있는 성배 전쟁에 참전하기 위해 최강이라 불리는 서번트인 세이버를 소환하려고 만반의 준비를 하나 정작 아처를 소환한다.

린이 아처를 소환한 날, 린과 같은 학교에 다니는 동급생인 에미야 시로는 우연히 두 서번트의 싸움을 보게 된다. 목격자를 제거하려던 랜서에게 쫓기던 시로는 위기의 순간에 놀라운 힘을 발휘한다.

린은 세이버의 마스터가 된 시로를 데리고 교회로 간다. 교회에는 린의 후견인이자 성배 전쟁의 감독인 고토미네 기레이 신부가 있는데, 그는 시로에게 선배 전쟁의 의미와 마스터와 서번트의 역할에 대해 알려 준다.

교회를 나선 린과 아처, 시로와 세이버 앞에 은발의 소녀가 나타난다. 자신을 이리야스필 폰 아인츠베른이라고 소개한 소녀는 괴물같은 몸집과 힘을 자랑하는 서번트인 버서커에게 공격 명령을 내린다.

세이버는 시로에게 영령과 보구, 일곱 서번트의 능력에 관해 알려 주고 자신이 왜 진명을 밝히고 싶지 않은지 설명한다. 한편 린과 아처는 사람의 생명력을 빼앗는 서번트의 흔적을 발견한다.

린은 학교에서 아무런 긴장 없이 태연하게 인사하는 시로를 보고 경악한다. 전쟁 중이라는 자각이 없는 시로에게 린은 영주를 포기하지 않으면 죽이겠다고 협박하나, 정체불명의 서번트가 난입하면서 둘은 잠시 싸움을 멈춘다.