마법소녀를 동경하는 히이라기 우테나는 어느 날, 수수께끼의 마스코트 베나리타를 만난다. 베나리타의 힘으로 마법소녀로 변신할 수 있게 되었다고 생각한 우테나는 마음이 설레었다. 하지만, 변신 후의 모습은 마법소녀와는 거리가 먼, 악의 조직의 여간부 그 자체였는데?!

엉뚱한 계기로 악의 조직 '에놀미타'의 여간부가 돼버린 히이라기 우테나. 그녀는 트레스 마지아와의 싸움 속에서 감춰져 있던 S에 각성했고, 새로 배운 플레이를 아주르 일행에게 시험한다. 그리고 그 플레이에 몸부림치는 마법소녀들의 모습을 보고, 베제는 쾌감을 느꼈는데......!

다시 베나리타의 호출을 받은 우테나와 키위. 두 사람이 나하트 베이스에 도착해 보니 '에놀미타'에 새로 가입한 모리노 코리스, 빌런 명 네로 앨리스가 있었다. 베나리타는 네로 앨리스의 힘이 어떤 것인지를 우테나와 키위에게 보여주기 위해 트레스 마지아 3인을 유인했는데.