서기 2008년, 통합전쟁이 발발한 지 8년째. 마얀 섬에서 이상한 에너지 반응이 감지되었다. 이는 외계인이 남기고 간 오버 테크놀로지의 일부로 추정되며, 그 유물을 두고 통합군과 반통합 동맹이 외딴섬에서 격돌하게 된다. 그러던 중 F-14를 타고 출격한 통합군 파일럿 쿠도 신은 공중전에서 격추당해 마얀 섬 해변으로 떠내려온다. 마침내 깨어난 신은 무녀 사라와 그녀의 여동생 마오의 보살핌을 받고 있음을 알게 된다.

신은 사라와 마오에게 구출되어 함께 마얀 섬에서 지내게 된다. 어느 날 신은 통합군의 신형 가변전투기와 적기의 전투를 맞닥뜨린다. 그가 마오를 구하기 위해 달려 나가는 사이, 하늘에선 통합군과 반통합 동맹의 가변전투기가 치열한 전투를 벌인다. 통합군의 새로운 VF-0 편대가 자신의 눈앞에서 격추되자 신은 기회를 놓치지 않고 주저 없이 조종석에 올라탄다.

노라는 깊은 정글 속 반통합 동맹의 아지트에 신, 사라, 아리에스를 포로로 가둔다. 세 사람은 그곳에서 인류학자인 하스포드 박사를 만나게 된다. 박사의 등장으로 사라는 과거의 끔찍한 기억을 떠올리고 아리에스는 그를 의심하기 시작한다. 한편 포커와 VF-0S 편대는 마얀 섬 상공에서 궁극의 적수인 D.D. 이바노프와 다시금 치열한 전투를 벌인다.

반통합 동맹의 폭격으로 마얀 섬은 불바다가 되고, 통합군은 파괴 속에서도 끝까지 '새인간'을 되찾고자 한다. 치열한 전투로 프로토컬쳐 유물인 새인간이 깨어나고, 새인간은 사라를 데리고 파괴적인 프로그래밍을 시작한다. 사라가 새인간 내부에 있다는 사실을 알게 된 신은 사라를 구하기 위해 부스터가 장착된 VF-0를 타고 출격한다. 그 사이 포커는 운명의 공중전을 벌이며 숙적인 D.D. 이바노프의 공격을 막아 낸다.