라피스 마을에서 사는 견습 마녀 메구 라즈베리는 17살이 되는 생일에, 스승인 '영년의 마녀' 파우스트로부터 여명 1년의 저주에 걸렸다는 선고를 받았다. 살 수 있는 방법은 불가능에 가까워서 부루퉁해져 있는 가운데, 어떤 소녀로부터 엄마가 잠든 채 일어나지 않는다는 이야기를 들었는데...

메구의 친구이자 학생인 피네가 마녀의 집에 상담을 하러 방문했다. 그녀의 소원은, 할아버지의 유품인 낡은 손목시계를 고치는 것. 움직이지 않게 된 손목시계는, 시계에 깃든 정령이 약해져 있는 것으로 보였는데...

메구는 칠현인 중 한 명인 축복의 마녀 소피가 이계의 문을 여는 것을 돕는다.

'라피스의 마녀'라는 별칭을 얻은 메구는 20년에 한 번 열리는 대제전인 '마법 식전'에 참가하게 되었다. 마도사들로 붐비는 회장에서 메구는 무수히 많은 정령에 둘러싸인 정체불명의 소녀와 만나, 함께 회장을 돌아보게 되었는데...

마력에 오염된 거목을 벌목해달라는 의뢰를 받은 메구. 마력을 너무 흡수해 변질된 거목을 빠르게 제거하지 않으면 라피스 마을 전체에 악영향을 줄지도 모르는 위험한 상황이었다. 그런 나무 위에 있던 정체불명의 소녀가 메구에게 말을 걸었는데...

마력 오염의 치료법을 자크와 함께 찾는 메구. 성공의 열쇠는 마법에 강한 마음을 담는 '감정'의 힘이었다. 희망의 빛이 보이기 시작한 것도 잠시. 인근 바다의 마력에 이변이 발생해 아쿠아마린에 쓰나미가 닥쳐오는 위기가 발생했는데...