In de eerste aflevering van het derde seizoen vraagt Jane zich af of hij nog thuishoort in het team na zijn ontmoeting met Red John in het vorige seizoen.
Liefde hangt in de lucht wanneer Patrick Jane paragnost Kristina Frye weer tegenkomt tijdens het onderzoek naar de moord op een charismatisch leider van een mensenrechtenorganisatie.
Een moord door een Red John-copycat brengt Patrick Jane en zijn paranormale vriendin in groot gevaar met de echte Red John in de laatste aflevering van het tweede seizoen.
Jane's schoonbroer Danny Ruskin is terug in de stad en raakt betrokken bij een moordzaak. Hoewel hij zo zijn bedenkingen heeft, moet Jane hem te helpen.
Het CBI onderzoekt de moord op een Kerstman en het team word ondervraagd wanneer een verdachte in hechtenis is overleden en het erop lijkt dat de moordenaar bij het CBI werkt.