Een gevarieerde groep rekruten komt aan op de FBI-academie in Quantico om getraind te worden. Ze zijn de beste, slimste en best doorgelichte nieuwelingen, dus het lijkt onmogelijk dat een van hen het brein achter de grootste aanslag op New York sinds 11 september 2001 kan zijn.
Alex is op de vlucht en moet Liam en zijn team te slim af zijn om haar flat binnen te komen en te zoeken naar iets wat haar naam kan zuiveren. Ondertussen zien we in een flashback naar de training in Quantico dat de nieuwelingen een speld in een hooiberg moeten zien te vinden als ze zoeken naar potentiële bedreigingen van de staatsveiligheid.
Alex krijgt informatie over haar vader en zijn FBI-verleden. De nieuwelingen leren de kunst van het maken van een daderprofiel en richten zich op de sterke en zwakke kanten van hun klasgenoten, waarbij hun zelfvertrouwen en vriendschap op de proef worden gesteld.
In Quantico krijgen de rekruten een training in het bevrijden van gijzelaars die Alex doet twijfelen of ze het wel kan en of ze misschien moet stoppen met de opleiding. In de toekomst blijft Alex zoeken naar aanwijzingen en vindt ze een aanwijzing die de onschuld van een bevriende klasgenoot in twijfel trekt. Maar is de aanwijzing echt wat ze denkt? Niemand is wie hij lijkt te zijn.
De nieuwelingen verlaten voor het eerst de campus voor hun eerste undercover-opdracht. Op een avond vol onvoorspelbare gebeurtenissen trekken Alex and Ryan naar elkaar toe en worden de rekruten op de proef gesteld. In de toekomst besluit Alex om haar kant van het verhaal te vertellen en heeft ze haar eerste echte interview. Iedereen die kijkt, vraagt zich af wie er nou echt de waarheid spreekt.
De nieuwelingen krijgen les in bewaking door dat toe te passen op Miranda en haar getroubleerde zoon Charlie. Shelby probeert Caleb op afstand te houden, maar Raina opent de deur naar een nauwere band met Simon. In de toekomst krijgt Alex hulp als ze probeert een FBI-computer te hacken.
Priyanka Chopra
Alex Parrish
Josh Hopkins
Liam O'Connor
Jake McLaughlin
Ryan Booth
Aunjanue Ellis
Miranda Shaw
Yasmine Al Masri
Nimah/Raina Amin