Wanneer Peter en Neal ontdekken dat een rechter fraude pleegt met hypotheken en dat hij agent Garrett Fowler (van het Office of Professional Responsibility van de FBI) kent, verzinnen ze een plan om hen beiden te pakken. Als het plan mislukt, staat Peters baan op het spel.
Wanneer mensen die schijnbaar niets gemeen lijken te hebben, worden neergeschoten in New York, gaat de BAU onderzoeken of het gaat om één enkele seriemoordenaar of een heel team.
Wanneer een SUV met leden van de BAU erin explodeert, vecht de rest van het team om hun collega's te redden en de terroristen te pakken die achter de aanslag zitten.
In de seizoensfinale raken Jane, Maura en Frankie Jr. verwikkeld in overlevingsstrijd in eigen buurt. CHAZZ PALMENTIRI en ERIK PALLADINO (ER) zijn gastacteurs.
De Fringe Division van de FBI onderzoekt een mysterieuze, doofstomme jongen met een onuitgesproken connectie met agent Olivia Dunham. Een gruwelijke seriemoordenaar verschijnt weer ten tonele.