Lincoln Burrows zit momenteel in de dodencel en zal binnen enkele maanden geëxecuteerd worden voor een moord die hij, zoals zijn jongere broer Michael stellig gelooft, niet gepleegd heeft. Omdat er geen andere opties zijn en de tijd begint te dringen, gaat Michael tot ingrijpende stappen over om om zich op te laten sluiten in de gevangenis waar zijn broer zit. Eenmaal binnen begint Michael, een b
George en Izzie testen hun romantische chemie. Derek wil meer dan alleen lichamelijk contact met Meredith. Mark wordt verliefd op een mede-chirurg. Callie's rol als hoofdassistent wordt in gevaar gebracht.
Terwijl de raciale spanningen in de gevangenis toenemen en Veronica zich verdiept in Lincolns zaak, probeert Michael een medicijn te krijgen waarmee hij positief kan testen op diabetes. Ook probeert hij een grote bout te bemachtigen die hij kan gebruiken in zijn ontsnappingsplan.
Een reeks flashbacks van de voorgaande drie jaren toont hoe Lincoln, Sucre, T-Bag, C-Note en dr. Sara in de Fox River State Penitentiary belandden en wat Michael ertoe dreef zijn nauwgezette plan te maken om zijn veroordeelde broer uit de gevangenis te laten ontsnappen.
Lincoln, die denkt dat hij zijn vader bij de executie zal zien, krijgt twee weken uitstel wanneer een rechter opdracht geeft het lichaam van Terence Steadman op te graven. Sucre vraagt om een gunst zodat Michael een nieuwe route naar de ziekenboeg via het ingewikkelde drainagesysteem kan verkennen.
