Wanneer een militaire onderzoeksbasis wordt aangevallen, ontsnapt een kleine groep burgers en militair personeel op een ruimteschip diep de ruimte in. Maar er vormen zich onenigheden tussen degenen die willen terugkeren, en zij die willen blijven.

Nadat hij contact heeft gehad met Homeworld Command verklaart Dr. Rush (Robert Carlyle) dat generaal O’Neill (Richard Dean Anderson) hem de leiding heeft gegeven en er geen hoop is op terugkeer. Maar zijn beweringen worden al gauw betwijfeld.

Met nog maar weinig zuurstof aan boord vertrekt een team naar een woestijnplaneet op zoek naar een mineraal om de lucht in het schip van kooldioxide te ontdoen. Terwijl het ene team het mineraal zoekt, heeft het andere een ander doel voor ogen.

De bemanning heeft de hele nacht doorgewerkt om vast te stellen waarom de energiereserves van het schip zo laag zijn. Wanneer de vliegroute van de Destiny drie planeten onthult, hoopt de hele bemanning dat een ervan bewoonbaar is.

De Destiny zit nog steeds zonder energie en er wordt een plan bedacht om het schip te verlaten met de laatste werkende shuttle. De hoop vergaat snel als de enige manier om te bepalen wie er mee mag een loterij is.

Ondanks strikte rantsoenering en beveiliging blijven de watervoorraden aan boord van de Destiny dalen. Dr. Nicholas Rush heeft geen verklaring voor deze laatste tegenslag, maar als ze willen overleven, moeten ze snel een nieuwe waterbron vinden.