Transparent utforsker familie, identitet, sex og kjærlighet. Hovedpersonen Maura er en 70 år gammel transekvinne tidlig i overgangen. Når hun kommer ut til familien, kommer alle andres hemmeligheter også frem hos hennes ekskone Shelly og deres voksne barn: omstreifende Ali, musikkprodusent Josh og seksuelt ambivalente Sarah. Alle virrer i forskjellige retninger for å finne ut av hvem de ikke er.