S3, A1: I säsongspremiären är Michael Scofield i Sona - ett döligt panamansk fängelse där ett tidigare upplopp tvingade alla instanser att lämna fängelset. Fångarna ansvarar nu för sina egna liv (och död). Med hans anhörigas öde i sina händer, måste Micheal hitta Whistler, en mystisk fånge som gömmer sig i fängelsets avloppssystem. Michael ska försöka få Whistler att hjälpa honom att fly från ett fängelse där det inte finns en väg ut. Samtidigt söker Lincoln efter en försvunnen Sara och får oroande nyheter om LJ.