Tioårige Ben Tennysons, hans farfar Max och hans kusin Gwens äventyrliga sommar fick en oväntad vändning när Ben hittar ett klockliknande föremål (Omnitrix-prototypen) som har kastats ut från ett utomjordiskt rymdskepp högt över jorden. När prototypen fäster sig på Bens handled upptäcker han att den låter honom bli en av tio utomjordingar.

Ben och hans inre utomjordingshjältar måste ta upp kampen med dr Animo, en helgalen forskare insatt på hämnd och beväpnad med en DNA-ändringsmanick, som han använder för att mutera normala djur till monster, och sedan återuppliva dinosaurier som löper amok i Washington D.C. Samtidigt upptäcker Ben att vara en hjälte inte bara handlar om att belönas för sina goda gärningar.

Under ett uppehåll på en campingplats vid en sjö råkar Ben stöta på ett sjöodjur av Loch Ness-typ: Kraken. Så småningom upptäcker Ben det sanna hotet – den onde tjuvskytten Jonas och hans högteknologiska djuphavstjuvar, som väcker Kraken genom att försöka stjäla dess ägg.

Farfar, Gwen och Ben besöker en äldre släkting när de upptäcker att hennes ålderdomshem har tagits över av en grupp formskiftande utomjordingar.

Ben jagas av 3 utomjordingar som är prisjägare och har anlitats av Vilgax för att få tag i prototypklockan. De kraftiga legosoldaterna blir de första verkliga utmaningarna för Bens utomjordiska hjältar. Tur att Hoverboard är dubbelagent och har till uppgift att hålla Omnitrix ur obehöriga händer. Tyvärr är han inte nöjd med att Ben behandlar det mest kraftfulla vapnet i galaxen som en leksak.

Bens spratt slår slint när han släpper iväg en Megawhatt, ett destruktivt monster som består av elektrisk energi.