I det viktorianska London hålls den unga Alice fången av läkare som vill att hon ska erkänna att de underliga historier hon berättat om Underlandet bara är vanföreställningar. Då dyker Vita Kaninen och Hjärter Knekt upp för att rädda henne.

Alice ger sig ut för att skaffa tillbaka Cyrus flaska så att hon kan få tillbaka sin andeälskare. Men Jafar och Röda Drottningen har andra planer. I det förflutna åker Alice runt i världen med Cyrus och blir kär i honom.

Jafar och Röda Drottningen skickar en bandersnatch för att jaga Alice och hoppas att hon kommer att använda en av sina önskningar för att besegra den.

Röda Drottningen fångar Hjärter Knekt och Jafar insisterar på att hon ska döda sin före detta älskare för att bevisa att hon är stark nog att klara det stundande uppdraget.

Röda Drottningen kontaktar Alice och ber om hjälp att återskapa magiskt damm för att skydda sig mot Jafar. I gengäld erbjuder hon sig att leda Alice till Cyrus. Samtidigt rövar Jafar bort Vita Kaninen och tvingar honom att berätta hemligheter.

Jafar åker till det viktorianska England för att hitta en svaghet som han kan använda mot Alice. I det förflutna återvänder Alice hem efter att ha förlorat Cyrus, och återförenas med sin far Edwin - och träffar hans nya fru och dotter.