När en militär forskningsstation attackeras, flyr en liten grupp civila samt militärpersonal ombord på ett skepp i yttre rymden. Men det råder oenighet mellan de som vill återvända till Jorden och de som vill stanna kvar ombord på Destiny.

Efter att i hemlighet ha kontaktat Homeworld Command, hävdar Dr. Rush Robert Carlyle att han fått order om att leda gruppen av general O’Neill Richard Dean Anderson och att de inte kan återvända till Jorden. Men han blir snart ifrågasatt.

När lufttillförseln börjar sina på Destiny, ger sig ett team iväg till en ökenplanet i jakt på en mineral som kan rena skeppets luft. Medan teamet kämpar för att finna den livsnödvändiga mineralen, har de andra en annan plan.

Besättningen har jobbat hela natten med att ta reda på varför skeppets energireserver är oroande låga. Men när Destinys flygbana mot ett solsystem avslöjar tre planeter, hoppas hela besättningen på att en av den är beboelig.

Det saknas fortfarande energi och man tänker överge skeppet i den sista fungerande skytteln i jakt på en ny beboelig planet. Men lyckan blir kortlivad när man lottar om vilka som får åka och vilka som stannar.

Trots hård ransonering och bevakning dygnet runt fortsätter vattenreserverna på Destiny att sina. Dr. Nicholas Rush har ingen förklaring till detta bakslag, men ska de överleva måste de snabbt hitta en ny vattenkälla.