Serien-Premiere. Als einer von Pikes Offizieren während einer geheimen Mission für die Sternenflotte verschwindet, ist Pike gezwungen, aus seinem selbst auferlegten Exil zurückkehren. Er muss herausfinden, wie er seinen Offizier retten kann und sich gleichzeitig darüber im Klaren werden, was er mit der Vision von der Zukunft anfangen soll, die er erhalten hat.

Bei einer Erkundungsmission entdeckt die U.S.S. Enterprise, dass ein Komet in einen bewohnten Planeten einschlagen wird. Sie versuchen, den Kometen umzuleiten, müssen aber feststellen, dass ein altes außerirdisches Relikt, das auf der eisigen Oberfläche des Kometen vergraben ist, sie irgendwie daran hindert. Während das Außenteam versucht, die Geheimnisse des Relikts zu lüften, bekommen es Pike und Number One mit Fanatikern zu tun, die verhindern wollen, dass die U.S.S. Enterprise eingreift.

Die U.S.S. Enterprise wird von einer Seuche befallen, die das Schiff verwüstet. Die gesamte Besatzung wird außer Gefecht gesetzt, mit Ausnahme von Nummer Eins, Una Chin-Riley, die sich nun einem Geheimnis stellen muss, das sie verbirgt.

Während einer routinemäßigen Versorgungsmission zu einem Kolonieplaneten wird die U.S.S. Enterprise von einer unbekannten bösartigen Macht angegriffen. Pike gibt alles und setzt seine gesamte Erfahrung ein, um die Krise zu bewältigen, aber der Sicherheitsoffizier warnt ihn, dass der Feind nicht mit konventionellen Mitteln der Sternenflotte bekämpft werden kann.

Es ist eine Komödie der Manieren, als Spock mitten in den entscheidenden Verhandlungen von ihm und Captain Pike mit einer ungewöhnlichen außerirdischen Spezies persönlichen Besuch erhält.

Eine Bedrohung für einen idyllischen Planeten führt Captain Pike zu seiner verlorenen Liebe zurück. Um sie und ein wissenschaftliches heiliges Kind vor einer Verschwörung zu schützen, muss er sich den ungelösten Gefühlen seiner Vergangenheit stellen.