Code: Breaker

Em uma noite chuvosa, a estudante do ensino médio Sakura Sakurakôji vê pessoas sendo queimadas vivas. No dia seguinte, na escola, ela conhece o novo aluno transferido Rei Ôgami, o garoto que ela acredita que estava com as pessoas sendo queimadas. Sakura, então, resolve descobrir o envolvimento de Rei.

Sakura acorda em seu quarto após ser encontrada do lado de fora na noite anterior. Com medo do que Ôgami pode fazer, ela passa a proteger Aoba, que confunde as atitudes de Sakura com o fim da amizade das duas. Sakura confronta Ôgami para entender o que aconteceu no parque.

Ôgami e Sakura vão para a escola juntos, para que possam ficar de olho um no outro. Porém, nem todo mundo está feliz com a atenção que Sakura está dando para Ôgami. Depois, Sakura acompanha Ôgami a um de seus trabalhos e fica surpresa com o que vê.

Ôgami recebe do conselho do Éden seu próximo trabalho. Toki busca Sakura para ir para a escola, alegando ser amigo de Ôgami. Ôgami os alcança e começa a lutar com Toki, mas Sakura impede os dois. Toki faz um tour pela escola de Sakura e Ôgami.

Ôgami, Toki e Sakura tentam se infiltrar em uma instalação administrada pelo governo e encontram dois homens musculosos com suas próprias habilidades especiais. Eles localizam Tabata, membro do parlamento, seu alvo, e estão prestes a cumprir sua missão quando um novo segredo é revelado.

Toki tem um café da manhã com o primeiro-ministro. No caminho para a escola, Sakura e Ôgami encontram Rui Hachioji, que tem uma mensagem para Ôgami. Sakura encoraja Ôgami a se abrir e fazer amizade com os outros da classe, mas a classe tem sua própria surpresa para fazer.