As Tartarugas Ninja estão fugindo, mas sem Leonardo, o líder do grupo. Leo tem como missão impedir Bishop e seus Mecazoides enquanto tenta salvar os irmãos.

Mikey precisa da ajuda de Rod, o estagiário de Bishop, para salvar os irmãos. Em troca pelo favor, Rod quer ser transformado em um mutante. Para salvar o dia, Mikey precisa aprender a ser responsável.

A força de Rafa não é suficiente quando ele fica entre os Mecazoides e a famosa gangue de rua conhecida como Dragões Púrpura. Rafa tem que usar a cabeça para sair dessa.

Donnie tem uma batalha de inteligência contra Bishop enquanto ele passa pelo sistema de metrô de Nova York para impedir os Mecazoides. Donnie é desafiado por uma inteligência artificial que sabe todos os seus movimentos.

A origem da mulher chamada Bishop e seus Mecazoides é explicada, assim como o seu ódio por mutantes. Tudo que aconteceu na noite em que as Tartarugas caíram na armadilha de Bishop.

As Tartarugas vão atrás da Bishop, mas ela está pronta para eles. Mas quando os Mecazoides saem do controle, as Tartarugas se arriscam para salvar a humanidade.