Überdimensionale Riesenroboert, die Sentinels genannt, greifen ein Einkaufscenter an. Jubilee wird jedoch rechtzeitig von den X-Men gerettet, die herausfinden, dass die Politiker ein Mutantenregistrierungsprogramm ins Leben rufen wollen.

Die X-Men brechen in das Mutantenregistrierungsbüro ein, um ihre Aufnahmen zu vernichten. Beast wird allerdings beim Fluchtversuch gefangen genommen. Zudem wird Jubilee entführt von den Abtrünnigen Gyrich und Trask, die die X-Men finden wollen.

Professor Xavier hat nicht nur Befürworter. Magneto, einst sein Freund, jetzt der ‚Meister des Magnetismus‘, will Krieg mit den Menschen führen, um ihnen zu beweisen, daß die Mutanten höher entwickelt sind als sie. Immer wieder versucht er, mit Anschlägen auf wichtige Einrichtungen des Landes, die Bevölkerung in Angst und Schrecken zu versetzen.

Nur mit größter Anstrengung konnten die X-Men die Atomraketen unschädlich machen, deren Start Magneto ausgelöst hatte. Doch bald versucht er wieder, seinen einstigen Freund und jetzigen Widersacher, Professor Xavier, herauszufordern, und das gleich zweifach. Einmal schleust er einen Spitzel in das Hauptquartier der X-Men ein: Sabretooth, einen Mutanten, der so tut, als wolle er seine Wutausbrüche von Xavier behandeln lassen. Magneto selbst zerstört fast ein ganzes Chemiewerk, bis sich ihm Xavier entgegenstellt. Auch der Spitzel Sabretooth wird von den X-Men entlarvt.

Eigentlich wollen Jean und Cyclops nur ihren freien Abend genießen, aber daraus wird nichts. Sie werden in eine unterirdische Welt gelockt - das Reich der ‚Morlocks‘. Mutanten, die so ungewöhnlich aussehen, daß sie in der Welt der Menschen sofort auffallen würden. Callisto, die Anführerin der Morlocks, will Cyclops bei sich behalten, wenn es sein muß, auch mit Gewalt. Er soll ihr den ersehnten Erben schenken.

Die X-Men sind urlaubsreif. Wolverine zieht sich in seine arktische Heimat zurück, Gambit und Jubilee träumen vom weißen Strand der Insel Genosha, auf der auch Mutanten gern gesehene Gäste sein sollen. Doch alles kommt ganz anders. Wolverine trifft auf seinen alten Erzfeind Sabretooth, der sogar das Leben eines ganzen Eskimostammes aufs Spiel setzt, nur um Wolverine zum letzten Kampf zu zwingen. Storm, Gambit und Jubilee fliegen inzwischen als Touristen getarnt nach Genosha, um das vermeintliche Urlaubsparadies zu testen. Doch bald müssen sie feststellen, daß Mutanten auf dieser Insel wirklich gern gesehen sind - nur nicht als Gäste.