Fast hätte Jaden seinen Termin zur Aufnahmeprüfung an der Duellakademie verpasst, nachdem er auf seinem Weg Yugi Moto begegnete. Von ihm bekam er die Karte "Der geflügelte Kuriboh", die während der Prüfung dann eine große Rolle spielen soll.

Jaden und Syrus teilen sich ihre Unterkunft, das Haus Slifer Red, mit einem komischen Kauz. Beide wissen nicht, was sie von dem Typen halten sollen, der wie ein Clown aussieht. Außerdem fordert der überhebliche Chazz Jaden zu einem illegalen Duell heraus. Wird sich Jaden darauf einlassen?

Der Dekan Dr. Crowler denkt sich einen teuflischen Plan aus: er will Jaden mit einem gefälschten Liebesbrief auf den Mädchencampus locken, um ihn wegen Regelverstoßes aus der Akademie verbannen zu können. Syrus findet den Brief und ist davon überzeugt, dass Alexis sein Freund sein möchte. Jaden und Alexis duellieren sich und Jaden geht als Sieger hervor.

Dr. Crowler beansprucht die neu eingetroffenen, seltenen Spielkarten alle für sich und gibt sie Chazz. Anschließend lässt er Jaden und Chazz in einem Feldtest-Duell gegen einander antreten, aus dem Jaden als Sieger hervorgeht. Als Belohnung darf er Ra Yellow aufsteigen, lehnt es allerdings ab, weil er im Slifer Red Haus bei seinem Freund bleiben will.

Die Freunde Jaden, Syrus und Chumley entdecken die verlassene Unterkunft, die nicht betreten werden darf. Viele Studenten sollen bereits von diesem Haus verschluckt worden sein. Dr. Crowler heuert einen Schattenduellanten an, der ihm Jaden vom Hals schaffen soll. Der Schattenduellant nimmt Alexis als Geisel und zwingt Jaden so zu einem Duell, bei dem seine Seele auf dem Spiel steht.

Die Energie des Schattenduellanten speist sich aus dem Reich der Schatten, was es Jaden sehr schwer macht, sein Gegenüber zu besiegen. Doch Jaden gibt nicht auf. Es gelingt ihm, zu gewinnen und die gefangene Alexis zu befreien, deren Bruder im Reich der Schatten verschwunden ist. Gemeinsam machen sich die beiden auf die Suche nach dem Verschollenen.