Als Ben erfährt, dass Gwen weiterstudieren und Kevin in ihrer Nähe bleiben möchte, ändert sich sein Leben schlagartig. Tapfer versucht er, sich seiner neuen Situation als Einzelkämpfer zu stellen, doch zum Glück schickt ihm Opa Max den Außerirdischen Rook, der Bens neuer Partner werden soll. Eine hervorragende Idee des alten Herrn, denn schon bald kann Ben jede erdenkliche Hilfe gebrauchen.

Gemeinsam mit seinem neuen Partner Rook versucht Ben, einer Alien-Erpresser-Bande auf die Spur zu kommen, die Schutzgeld von wehrlosen Geschäftsleuten auf der Erde kassiert. Bald gelingt es den beiden, Zimperling als Drahtzieher der Bande zu entlarven und ihn in die Flucht zu schlagen. Allerdings ahnen die zwei nicht, dass Khyber ihnen mit seinem gefährlichen Hund dicht auf den Fersen ist.

Der junge Ben fliegt mit Opa Max und der jungen Gwen auf den Mond Galvan B, um dort Azmuth zu besuchen. Kaum angekommen, treffen die drei zum ersten Mal auf den bösen Mechamorph Malware, dessen Lebenscode bei der Erschaffung durch Azmuth unterbrochen wurde. Malware möchte seinen Code mit einer zweiten Helix vervollständigen und danach die Herrschaft auf dem Galvanischen Mond an sich reißen.

Dass die Alienplagegeister aus Bens Kinderzeit eines Tages zurückkehren würden, hätte wohl kaum einer für möglich gehalten. Doch Jahre später tauchen sie tatsächlich und völlig unerwartet bei dem Jungen auf. Dieses Mal wollen sie Ben allerdings nicht das Leben zur Hölle machen! Stattdessen haben sie ein anderes Anliegen - sie brauchen seine Hilfe

Als ein riesiges Alien zu Randalieren beginnt und Bellwood in blinder Wut zerstören möchte, unternehmen Ben und Rook alles in ihrer Macht Stehende, um die Stadt zu retten. Dabei müssen sie aber nicht nur den Kampf gegen das durchgedrehte Alien aufnehmen, sondern sich auch mit einem Friedensaktivisten herumschlagen, der als Kämpfer für Alienrechte versucht, auch dieses Geschöpf zu schützen.

Erneut ist es Dr. Animo gelungen, aus dem Gefängnis zu entkommen. Ben und sein Partner Rook müssen den rachsüchtigen und bösen Wissenschaftler aufspüren, bevor es ihm gelingt, seinen perfiden Plan in die Wirklichkeit umzusetzen. Denn nach wie vor strebt Animo danach, die Lebewesen auf der Welt in groteske Monster zu verwandeln und die Evolution auf diese Weise neu bestimmen zu können.