Stammbelegschaft der „Nachtschicht“ sind TC, Topher und Drew, alles drei Ärzte, die auch in Afghanistan im Einsatz waren. TC, ein ausgezeichneter und widerspruchsfreudiger Arzt hat allerdings ein Trauma aus dieser Zeit mitgenommen. Jordan, TCs Ex, setzt es als Frau bei ihrem Chef Ragosa durch, dass sie die Leitung der Nachtschicht übernimmt. Paul und Krista, zwei neue Assistenzärzte in der Nachtschicht, verdienen sich ihre erste Sporen und TC kämpft seinen immer wieder aufflammenden Kampf mit dem Klinikchef Ragosa, einem zunächst unsympathisch wirkenden Ehrgeizling, der sich immer mehr als durchaus sensibler und auch fähiger Mann erweist.

Als man seinen schwerverletzten Freund Nick einliefert, wird TC mit dem wohl wichtigsten Ereignis aus seiner Zeit in Afghanistan konfrontiert. Nick trägt das Herz seines Bruders Thad in sich, das TCs Kollegin Flannery in Afghanistan transplantierte. TC versucht ein zweites Mal Nicks Leben zu retten, aber die Natur setzt Grenzen. Landry gelingt es, die Persönlichkeits-Störung eines kleinen Jungen zu diagnostizieren und damit die Mutter vor einer Anklage zu schützen.

Hubschrauber-Einsatz für TC: Zwei Schwerverletzte auf einer Jagd. Ein Wildschwein hat einem Mann die Hand abgebissen, eine Frau wurde mit einer Armbrust angeschossen. Die Hand wird beim Röntgen im Bauch des Wildschweins gefunden, - das Problem, das TC lösen muss, ist ein Eifersuchtsdrama und damit im Zusammenhang die Weigerung einer Frau, Ihrer Schwester Blut zu spenden. TC löst das Problem wie immer unkonventionell und knapp an der Illegalität vorbei. Topher muss mit einer kleinen 9-jährigen Persönlichkeit umgehen, die tapfer und sehr raffiniert versucht, ihren Vater zum Arzt zu bringen und dank Tophers richtiger Diagnose sein Leben rettet.

Drew gerät zusammen mit drei Soldaten während eines Manövers unter Beschuss von Kampfhubschraubern. Charlie verdankt dabei Drew sein Leben und alle drei sind schwer beeindruckt von Drews tapferer Rettungsaktion. Drew erfährt dabei, dass Soldaten Schwulen gegenüber vielleicht gar nicht so negativ eingestellt sind, wie er dachte. Er überlegt daraufhin, ob er vielleicht zu den Rangern gehen sollte. Jordan kommt in einen Konflikt: ein Mann wird eingeliefert, der ein Armband trägt, auf dem „Nicht behandeln“ steht. Wenn sie das beachten würde, wäre das für den durch einen Unfall erinnerungsgeschädigten „John“ (später stellt sich heraus, dass er George heißt) das Todesurteil. Jordan setzt sich über das Gebot hinweg und die rechtlichen Konsequenzen bleiben aus, weil einer eingegriffen hat, von dem sie es nicht vermutete. Ragosa greift aus Versehen in Landrys Büro zu einer Pillendose – mit Ecstasy. Den Zustand, in dem er sich dann erstmalig befindet, könnte man als total relaxed bezeichnen und das öffnet einem Näherkommen von Landry und ihm eine kleine Tür...

Ein Sturm tobt über San Antonio und die Umgebung. Die Nachtschicht ist völlig überlastet, weil ständig neue Verletzte eingeliefert werden, dazu fällt immer wieder der Strom aus. Paul gelingt es, durch seine gute Diagnose den kleinen Ernie zu retten und auch dessen schwerverletzte Mutter kommt durch. In dem Chaos taucht auch noch der derzeitige Freund von Jordan auf, Scott, der schließlich der neue Leiter der Trauma-Chirurgie wird. Worüber TC nicht sehr begeistert ist und auch Jordan bekommt starke Zweifel und fühlt sich zwischen den zwei Männern hin- und hergerissen. Topher hat in der Nacht nur EIN Problem: seine Frau gebärt Zwillinge, aber sie ist gerade im Auto unterwegs und steckt im Stau. Topher kann sie nach der Geburt des ersten Kindes ins Krankenhaus bringen und der zweite Zwilling wird nur durch den Mut und die Geschicklichkeit von TC gerettet, der eine spezielle Methode bei dieser schwierigen Geburt anwendet.

Drews Freund Rick kommt aus Afghanistan nach Hause und hat unterwegs einen Busunfall. Sein Bein muss amputiert werden und zudem schafft es Drew erst in letzter Minute, zu ihm zu stehen und sich als schwul zu outen. Es finden große Kompetenz-Kämpfe zwischen Scott und TC statt, die letztendlich ihren Kern nicht im medizinischen Bereich habe, es geht um Jordan, die wiederum in große Entscheidungsschwierigkeiten kommt. Krista wird von dem jungen Captain Wilson angeschwärmt, der ihr immer mehr ans Herz wächst, bis er schließlich an einer schweren Infektion stirbt.