Hitomi Kanzaki, estudiante de secundaria, forma parte del club de atletismo. Es una muchacha vital a la que le encanta tirar las cartas del tarot. Un día, durante un entrenamiento tiene una extraña visión: ve otro mundo en cuyo cielo aparece la Tierra y en donde las guerras las luchan robots gigantescos. Al día siguiente, el destino golpea.

En el planeta Gaia, en el que la Tierra puede verse en el cielo, hay seres humanos, hombres lobo, hombres gato e incluso Dragones. Guiada por una tribu de hombres lobo, Hitomi descubre que Van es el heredero al trono de Fanelia, su destino. Encuentra a Merle, una joven chica gato que adora a Van tanto como detesta a Hitomi.

Transportados de nuevo por una columna de luz, Hitomi y Van reaparecen en un bosque, separados el uno del otro. Hitomi es atacada por un hombre topo, pero es salvada por el joven caballero Allen Schezar, llegado de un fuerte fronterizo del reino de Astria. Hitomi se enamora a primera vista de Allen, que es la viva imagen de Amano.

Hitomi anuncia un ataque inminente, lo que produce una gran agitación en todo el fuerte. Mientras la tensión va en aumento, traen a Merle, la sirviente de Van, atada de pies y manos. Ha huido de Fanelia hecha una furia. Hitomi ve el desastre en sus pensamientos y, aterrorizada, se desmaya víctima de la fiebre. Allen y su sección se preparan para el inminente ataque.

Van intenta hacer de distracción, pero no puede deshacerse de Dilandau. Es capturado junto al Escaflowne y enviado al Vione, la fortaleza volante. Allí se reencuentra con alguien a quien no esperaba volver a ver: su propio hermano, Folken, desaparecido diez años atrás.

Tras llegar a Pallas, la capital del reino de Astria, Hitomi no puede evitar sentir envidia de la princesa Mirana que se tira a los brazos de Allen. Este quiere informar inmediatamente al rey Aston de las atrocidades perpetradas por Zaibacher. Pide asilo para Van, pero Folken se les ha adelantado y ya ha reclamado el Escaflowne al Rey Aston.