Optimus Prime y los autobots investigan la vuelta de los decepticons mientras se ven obligados a cuidar de un grupo de jóvenes humanos que acaban sin querer metidos en un conflicto que dura ya eones.

Cuando los autobots captan una señal muy débil de Cliffjumper, salen a buscarlo, pero se topan con Megatron, que, recién llegado, ha conseguido una sustancia poderosa y misteriosa: ¡Energón Oscuro!

Bulkhead sale con la misión de rescatar al agente Fowler, al que han secuestrado los decepticons, pero surgen complicaciones porque Miko lo acompaña en secreto.

Megatron usa el Energón Oscuro para resucitar a un ejército de guerreros con los que enfrentarse a Optimus. Mientras, los autobots ponen en marcha un plan de rescate arriesgado a bordo de la nave de guerra decepticon.

La última batalla tiene lugar en la órbita terrestre. Los decepticons, con la ayuda del ejército que ha resucitado Megatron, luchan contra los autobots. El destino de la Tierra pende de un hilo.