Au début de la quatrième saison, contraints d’endosser de nouvelles identités, les membres de l’équipe doivent concevoir de nouvelles manières de travailler sans être détectés par Samaritan.
Dans la finale de la série, l’équipe de POI — Finch, Reese, Fusco et Shaw — se lance dans une ultime mission afin d’empêcher que Samaritan ne détruise la Machine et ne cimente son emprise sur l’humanité.
Reese se fait passer pour un agent des services secrets afin de se rapprocher du dernier numéro, un membre du Congrès qui pourrait parvenir à empêcher Decima d’activer une deuxième machine.
Reese et Shaw se retrouvent dans une réunion d’anciens élèves afin de surveiller le dernier numéro, Matthew Reed (NESTOR CARBONELL). Pendant ce temps, Finch et Fusco se rendent à Washington D.C. pour comprendre ce qui a motivé la dernière attaque de Vigilance.
Dans le grand final de cette troisième saison, l’équipe tente par tous les moyens de contrer le programme Samaritain avant qu’elle n’en devienne la cible principale. Pendant ce temps, la longue bataille contre les terroristes de Vigilance prend une tournure inattendue.
