Rockmond Dunbar

L'alchimie n'est pas au rendez vous entre George et Izzie qui ont du mal à vivre leur histoire d'amour. Les relations sont tendues entre Meredith et Lexie ainsi qu'entre Richard et Derek. Mark, quant à lui, ressent une attirance soudaine pour une de ses consoeurs.

Michael Scofield, brillant ingénieur en génie civil, souffrant de trouble émotif, avec un QI exceptionnel, commet un braquage pour être incarcéré dans la même prison que son frère Lincoln Burrows, condamné à mort pour le meurtre de Terrence Steadman, un homme d'affaire philanthrope et frère de la vice-présidente des États-Unis d'Amérique. Michael est convaincu de l'innocence de Lincoln, et possède les plans de la prison, dont les travaux de rénovation lui avaient en partie été confiés par le biais de son employeur, tatoués sur le corps. Il est confiant dans un plan d'évasion qu'il a méticuleusement mis au point et dont il ajuste les pièces peu à peu. Scofield se fait passer pour diabétique dans le but d'avoir un accès quotidien à l'infirmerie qui serait le "maillon le plus fragile" dans la sécurité. Il y fait la rencontre de Sara Tancredi, médecin de la prison et fille du gouverneur de l'État. Une ex-compagne de Burrows, Lisa Rix, a la garde de leur fils L.J, qui se fait arrêter en possession de drogue. L'avocate de Scofield et ex-fiancée de Burrows, Veronica Donovan, se doute de ce que son client prépare.

Une émeute fermente dans la prison. Scofield doit récupérer une vis, élément clé de son plan, qui lui a été volée par un des gangs (les "bleachers"). Il doit aussi récupérer un certain médicament pour continuer de simuler son diabète qui lui donne accès à l'infirmerie, partie aussi de son plan d'évasion. Peu à peu, les événements s'accumulent contre lui. Dehors, Veronica son avocate enquête sur l'affaire de Burrows (le meurtre de Steadman) et visionne une cassette vidéo accablante. Au même moment les services secrets manœuvrent pour se débarrasser de tout ce qui peut empêcher l'exécution de Burrows et ne n'hésitent pas à recourir au meurtre; une menace pèse maintenant sur Véronica.

Deux ans se sont écoulés depuis que Jane a tué John Le Rouge et que le CBI a été dissous. Il vit désormais sur une île en Amérique du Sud et correspond en toute discrétion avec Lisbon, qui a été nommée chef de la police dans une petite ville où rien ne se passe.

Abbott décide d'interroger Van Pelt, Rigsby, Cho et Lisbon et cherche désespérément à mettre la main sur Jane. Ce dernier reçoit un appel de Bertram, qui veut le rencontrer. Jane lui donne rendez-vous dans la chapelle du cimetière où sont enterrées sa femme et sa fille. Sur le chemin, il est intercepté par Abbott et ses hommes.

Les partenaires d'Abruzzi à l'extérieur (Falzone) ne lui font plus confiance, ils ont désigné un autre prisonnier pour être chef du gang, ils lui ont retiré ses fonds, ce qui l'empêche de payer Bellick pour ses privilèges. Il doit retrouver ses moyens, sinon il perd la direction des T.P., travail pénitencier, et ils ne pourront plus percer la salle. Veronica et Nick se sont cachés dans une cabane isolée de tout, Kellerman et Hale les croient morts. LJ a les Secret Service à ses trousses : ils le traquent grâce à son GSM, et découvrent au passage que Veronica et Nick sont encore vivants, et où ils se cachent. Nous savons des épisodes précédents que c'est la Vice-présidente elle-même, la sœur de Steadman, qui est derrière la conspiration. Dans l'épisode précédent, Kellerman et Hale lui ont menti en lui disant que LJ avait été arrêté, mais ils s'apprêtent à mettre la main sur les trois gênants maintenant.