Des messages étranges poussent Cameron Hicks à se rendre sur le toit d’un immeuble où il exécute un tir exceptionnel pour tuer un prisonnier fédéral en plein interrogatoire. L’équipe des Alphas, dirigée par le Docteur Lee Rosen et sous l’égide du Département de la Défense, est amenée à enquêter. Ces « Alphas » sont un groupe d’hommes et de femmes dotés d’aptitudes hors du commun dues à une transformation du cerveau humain. L’équipe découvre vite que Hicks s’est fait manipuler par un Alpha dit « le fantôme », qui serait lié à une organisation appelée Drapeau Rouge que le Docteur Rosen pensait avoir éradiquée et qui fait intervenir d’autres Alphas pour commettre des crimes.

Un alpha déviant, Marcus Ayers, interné au centre de Binghamton , s’est échappé d’une ambulance au cours d’un transfert en utilisant sa capacité à prévoir les enchaînements d’évènements les plus improbables. Rosen le connaît bien et sait que pour cet homme atteint d’un délire de persécution, la vie est une partie d’échecs dont tous les coups sont joués d’avance. Avec l’aide de son équipe, il tente de le retrouver et de l’empêcher de nuire. La poursuite se termine sur un pont. Marcus, touché d’une balle en pleine poitrine, tombe à l’eau, mais son corps demeure introuvable.

Des messages étranges poussent Cameron Hicks à se rendre sur le toit d’un immeuble où il exécute un tir exceptionnel pour tuer un prisonnier fédéral en plein interrogatoire. L’équipe des Alphas, dirigée par le Docteur Lee Rosen et sous l’égide du Département de la Défense, est amenée à enquêter. Ces « Alphas » sont un groupe d’hommes et de femmes dotés d’aptitudes hors du commun dues à une transformation du cerveau humain. L’équipe découvre vite que Hicks s’est fait manipuler par un Alpha dit « le fantôme », qui serait lié à une organisation appelée Drapeau Rouge que le Docteur Rosen pensait avoir éradiquée et qui fait intervenir d’autres Alphas pour commettre des crimes.

L’équipe du Docteur Rosen traque une jeune alpha capable de provoquer des émeutes sanglantes. Ils croient avoir retrouvé le frère de la jeune fille, Matthew, mais il s’avère que le garçon les a trompés : c’est lui, l’alpha maléfique et il déclenche dans les locaux de Rosen une bagarre d’une violence inouïe au cours de laquelle Don Wilson est tué par son adjoint. Matthew est finalement capturé et envoyé à Binghamton. Toute l’équipe est extrêmement secouée par ce qui s’est passé. Au cours de la folie furieuse qui s’est emparée de tout le monde, Rachel s’est sérieusement fâchée avec sa mère au téléphone. Nina lui propose de venir s’installer chez elle.

L’équipe du Docteur Rosen lancent l’assaut dans une maison pour arrêter Milos Kosar, un Alpha relié au Drapeau Rouge, mais celui-ci réussit à leur échapper. Dans la maison, ils trouvent une jeune femme autiste qui ne parle pas mais qui a le don de comprendre toutes les langues et qui s’est inventé son propre langage à base de sons qu’elle émet en touchant des objets. Gary se lie d’amitié avec elle, et découvre qu’elle a encodé des messages pour le Drapeau Rouge. Mais est-elle réellement une victime de l’organisation ?

Le docteur Rosen et son équipe vont enquêter dans une petite ville où trois personnes semblent avoir été victimes d’un alpha malveillant. Il apparaît très vite que ces morts sont liées au décès accidentel d’un jeune homme qui était le bouc émissaire de quasiment toute la ville. Sa mère inconsolable a usé de son aptitude alpha pour venger son fils, qui s’était en fait suicidé. Etant capable de rendre les gens accros à son amour, elle les a aimés puis rejetés sans pitié, provoquant un manque fatal.