En 1609, au Pays basque, Jeannette, l'aînée de trois sœurs, refuse de prendre la suite de leur mère en tant que guérisseuse. Leur monde menace de s'écrouler quand arrive le juge Pierre de Lancre, missionné par le roi pour chasser les sorcières.

Après le mariage célébré au château d'Urtubie, le juge de Lancre lance une chasse aux sorcières dans toute la région pour trouver les complices de Gratianne. Jeannette, accusée de sorcellerie, échappe de peu à la torture.

De Lancre multiplie les procès, résolu à mettre la main sur l'auteur du meurtre du soldat retrouvé dans la forêt. Pour survivre, Jeannette et Catherine s'entourent de nouveaux alliés au village et au château.

Le juge de Lancre est prêt à tout pour découvrir le lieu de l'Akelarre, tandis que Jeannette, acceptant enfin son don, organise les préparatifs en secret. Libérée des assauts de D'Urtubie, Catherine se résout à déclarer ses sentiments à Madeleine.

Après avoir condamné au bûcher les femmes capturées à l'Akelarre, de Lancre envoie la garde s'installer dans les maisons du village pour surveiller chaque habitante. Cariel commence ses expériences scientifiques sur des prisonnières.

Jeannette se réveille sur la table d'opération de Cariel et parvient à s'extraire du laboratoire grâce à la mutinerie de soldats menée par Zéphyr. Ils sont rejoints par les hommes du village revenus au Pays basque, avec Catherine à leur tête.