Loin de la métropole, au milieu d’une nature abondante, se trouve un village reclus du nom de Hinamizawa. On raconte que ce dernier aurait dû disparaître par le passé, submergé au fond d’un barrage. Cependant, le village a subsisté, et se voit même accueillir un nouvel élève en cours d’année scolaire, nommé Maebara Keiichi. Keiichi étant habitué à la vie urbaine, il apprécie son nouveau...