En cette rentrée scolaire, le club de basket du lycée Seirin s'active pour recruter de nouveaux membres. Et la moisson de cette année s'annonce étonnante : Kagami, un joueur volcanique, et Kuroko, membre de la légendaire génération miracle, une équipe constituée de génies qui a beaucoup fait parler d'elle par le passé.

Afin d'éprouver la motivation et la détermination des impétrants, Riko, coach du club de basket du lycée Seirin, les soumet à un test peu académique... Plus tard, la visite pas si innocente que ça d'un joueur dont la réputation n'est plus à faire met le club en émoi.

L'équipe de Basket de Seirin arrive au lycée Kaijou pour disputer son match. Au gymnase, Takeuchi, le coach de l'équipe de basket de Kaijou, lance le match seulement sur la moitié du terrain estimant que le match trop mineur ne vaut pas qu'on mobilise le terrain complet. De plus, il laisse Ryota Kise sur le banc alors qu'il voulait jouer.

Le match opposant Seirin à Kaijou entre dans son deuxième quart-temps, Kagami et Kuroko adoptent une nouvelle tactique: ils marquent à deux Kise et font des passes imprévisibles pour le piéger. Leur tactique fonctionne et Kuroko fait également des passes à Hyage Junpei, le capitaine de son équipe qui est capable de marquer des paniers à trois points. L'équipe de Seirin passe devant celle de Kaijou.

Le match opposant Seirin à Kaijô en est à ses dernières minutes et le score est serré comme jamais. Les joueurs des deux équipes sont à bout de forces, mais la victoire reviendra à celui qui parviendra malgré tout à trouver des ressources supplémentaires. Kuroko, lui, a une idée derrière la tête : une technique que Kise serait incapable de copier...

Pour qu'ils se remettent au mieux de leur match éprouvant contre Kaijô, Riko envoie les rookies de Seirin chercher de délicieux sandwichs à la cafétéria du lycée... Ce que les jeunes naïfs ne soupçonnent pas, c'est qu'une vraie guerre les attend !