Un lieutenant en permission se fait renverser par un taxi. Son comportement avant l'accident laisse penser qu'il était drogué, mais l'autopsie révèle qu'il est mort de la peste bubonique.

L'équipe du NCIS traque quatre évadés qui se sont échappés après l'accident de leur bus au cours d'un transfert.

Un adjudant-chef spécialisé dans le contre-espionnage vient d'être assassiné. Loretta pense qu'il a été noyé mais remarque à son front une coupure qui semble avoir été faite post mortem. L'équipe apprend bientôt que l'épouse de la victime a été enlevée et ses ravisseurs réclament une rançon à son frère, Oliver. De son côté, l'agent spécial Fornell débarque à La Nouvelle-Orléans pour collaborer à l'enquête.

Alors que la ville est redécorée aux couleurs de Halloween, l'équipe du NCIS enquête sur le meurtre d'un juge d'instruction de la marine. La victime a été retrouvée dans un cimetière, portant un costume de l'époque victorienne et des marques de morsure dans le cou. L'équipe fait des recherches sur ses affaires en cours. Parallèlement, Linda informe Dwayne qu'elle ne participera pas cette année à la fête familiale.