Le squelette d’Ellen Wallace, major du corps des Marines est découvert sur le site d’un chantier. Ellen faisait partie des victimes de l’attentat du 11 septembre 2001 contre le Pentagone dont les corps n’avaient jamais été retrouvés. Or ses restes se trouvent à une quinzaine de kilomètres du lieu de l’attentat et les causes de sa mort sont dûes à des coups portés à la tête et non à une explosion.

McGee tente d’infiltrer Spendifida, la société qui gère les données gouvernementales, pour en savoir plus sur le compte secret du secrétaire à la Défense. Le NCIS témoigne au procès de Stuart Crum, le tueur à la crème glacée, identifié par Kasie grâce à son ADN, dans une affaire d’empoisonnement vieille de trente ans. La loi permet à la défense d’invalider l’échantillon. Le procès est ajourné et Crum est libre. Kyle Larson, le père de l’adolescent tué par Crum jure de faire justice. Crum est retrouvé mort assassiné.

Le Secrétaire à la défense décide de donner au NCIS les relevés du compte en banque secret à son nom. Ces relevés permettent de découvrir que des retraits ont été faits sur ce compte. A chaque fois, l'argent a été envoyé vers des villes où des meurtriers innocentés pour vice de procédure ont été tués à leur tour.

Alors que Torres ne voit pas le problème, Bishop et McGee sont perturbés par le secret de Gibbs et l’attitude de ce dernier qui semble plus renfermé que d’habitude. L’équipe enquête sur le meurtre du sergent-artilleur Richard Wilson. Le domicile de la victime est sens-dessus dessous. Torres et Bishop y rencontrent la femme de Wilson qui revient de Floride. Elle leur apprend que son mari était du genre taciturne et qu’il faisait partie des trois survivants d’un commando qui avait capturé le chef taliban Zakir et rapporté son butin de 30 millions de dollars.

Emily Fornell est amenée en urgence à l’hôpital par deux de ses amis. D’après le récit de ces derniers, elle était à une fête à l’université et elle s’est soudain effondrée. Il s’avère qu’elle a été victime d’une overdose d’opioïdes. Des témoins auraient vu quelqu’un mettre un comprimé dans son verre. Sous l’insistance de Fornell, Gibbs réussit à convaincre Vance de lui laisser mener l’enquête. Mais les choses se compliquent lorsque le coupable présumé -un certain Ralphie- est retrouvé mort à son domicile et que l’on découvre Emily sur les lieux.

NCIS découvre un réseau secret de combats de chiens, qui pousse un des membres de l'équipe à faire un acte inattendu.