Après une conférence scientifique, un groupe d'étudiants apprend à voyager dans le temps et utilise ses pouvoirs pour mettre un terme aux projets diaboliques d'une organisation malfaisante.

Makise Kurisu a été assassinée dans l'immeuble Radio Kaikan, mais Okabe la retrouve à l'ATF toujours vivante, alors qu'elle devrait être morte. Dans le même temps, un dénommé John Titor qui se présentait comme un voyageur du futur, n'existe plus.

Kurisu a vu par hasard l'expérience du four à micro-ondes du Labo des gadgets futuristes. Okabe suppose donc que c'est une sorte de machine temporelle et se souvient que John Titor avait dévoilé que le SERN aurait le monopole du voyage dans le temps.

Les mots contenus dans le mail du SERN donnent des frissons à Okabe. Il suppose que la clé de décryptage du code du SERN se trouve dans le vieux PC, l'IBN5100. Il se rend au temple Yanagimori, où le père de Faris aurait pu en laisser un.

Alors qu'Okabe et Kurisu rapportent l'IBN5100 au Labo, ils rencontrent Suzuha Amane qui fait le ménage dans la boutique du docteur Braun. Bien que ce soit la première fois que Suzuha et Kurisu se rencontrent, Suzuha réagit bizarrement face à Kurisu.

Ayant appris les expériences du SERN, Okabe réunit les membres du Labo et lance une table ronde. C'est là qu'ils nomment le mail envoyé dans le passé, qu'ils avaient découvert par hasard, le "D-mail".