Wolverine apprend que Shingen Yashida, le chef de l'organisation criminelle Kuzuryu et le père de son ex-petite amie Mariko, organisent un mariage politique pour elle afin de consolider son pouvoir. Déterminé à la sauver, Wolverine se rend au Japon.

Logan est secouru par une mystérieuse femme nommée Yukio, mais lorsqu'il visite la cachette de son ami Asano, il le trouve mort. La police poursuit Yukio : il la considère comme le principal suspect du meurtre.

Logan, qui fuit la police, est attaqué par Kikyo Mikage, un tueur à gages mutant. Pendant sa fuite, il découvre que Kurohagiune mène une opération de contrebande dans laquelle son ennemi juré Omega Red est impliqué.

Logan et Omega Red entament une bataille acharnée dans laquelle tous deux se souviennent de la façon dont ils se sont rencontrés à l'époque de la guerre froide. Logan doit trouver un moyen de vaincre le géant russe.

Sur le chemin du retour de Madripoor, Yukio et Wolverine sont attaqués par des pirates. Alors que Yukio se lance seul dans le combat, Wolverine s'éloigne pour atteindre son objectif dans l'obscurité de la nuit.