Jubilé est attaquée par des robots appelés Sentinelles, mais elle est sauvée par Tornade et Malicia et conduite au Manoir Xavier pour sa sécurité. Les X-Men découvrent que le groupe qui dirige le programme d'enregistrement des mutants veut retrouver et éliminer les mutants. Plus tard, les X-Men trouvent la base des Sentinelles et l'infiltrent pour détruire les fichiers sur les mutants. L'épisode finit en suspense quand Tornade ouvre la porte d'une pièce où de nombreux soldats armés attendent en embuscade.

Wolverine sent l'odeur des fusils des soldats et ferme la porte avant qu'ils ne tirent. Tornade les fait s'envoler avec ses pouvoirs. Après avoir détruit les fichiers sur les mutants, les X-Men s'enfuient au Blackbird mais sont arrêtés par les Sentinelles. Pendant le combat, Morph est présumé mort. Alors que le Fauve est électrocuté sur une barrière et capturé, les autres rejoignent le Blackbird sous les ordres de Cyclcope. Jubilé décide de rester au manoir.

Après le procès du Fauve, Dents de Sabre demande qu'il soit libéré, ce qui pousse les gardes à lui tirer dessus et à le blesser. Cyclope l'aide et le ramène à l'infirmerie du manoir. Plus tard, Magnéto attaque un site de lancement de missiles. Quand les X-Men arrivent, il se prépare à lancer des missiles nucléaires pour déclencher une guerre entre les mutants et les humains. Cyclope, Tornade et Wolverine affrontent Magnéto, mais n'arrivent pas à l'arrêter. Plus tard, Tornade utilise le vent et la foudre pour désactiver les missiles qui tombent à l'eau. Les X-Men empêchent une guerre nucléaire.

Magneto détruit une usine pour attirer le Professeur X. Cyclope, Malicia, Tornade et le Professeur s'y rendent alors que Jubilé reste pour garder Dents de Sabre. Le Professeur X entre dans l'usine pour affronter Magnéto. Alors que Magnéto s'apprête à vaincre le Professeur, celui-ci le force télépathiquement à revivre sa jeunesse. Magnéto bat en retraite. Au manoir, Dents de Sabre est dégouté par le sénateur à la télévision et Jubilé remarque un problème avec ses menottes. Jubilé les desserre et Dents de Sabre la capture, mais Wolverine l'attaque. Leur combat est interrompu par les autres X-Men.

Un groupe de mutants appelé les Morlocks capture Jean et Cyclope. La cheffe des Morlocks, Callisto, a enlevé Cyclope pour qu'il dirige les Morlocks à ses côtés. Jean utilise ses pouvoirs télépathiques et avertit le Professeur. Wolverine, Gambit, Malicia et Tornade partent à leur recherche. Quand les X-Men les retrouvent, Tornade défie Callisto pour le contrôle des Morlocks pour sauver Cyclope et Jean. Callisto doit accepter le défi. Tornade bat Callisto et devient la nouvelle cheffe des Morlocks, mais après avoir sauvé Cyclope et Jean, elle fait de Callisto la cheffe en son absence.

Wolverine fuit au Canada pour être seul en pleine nature. Il trouve la paix avec les Inuits de l'île de Baffin, mais découvre que Dents de Sabre l'a suivi et a capturé les villageois pour les tuer. Wolverine parvient à vaincre Dents de Sabre et à sauver les Inuits. Au manoir, Gambit dit aux X-Men qu'il a entendu dire que les gens de Genosha accueillent les mutants et il veut que l'équipe y parte en vacances. Le Professeur Xavier envoie Tornade, Gambit et Jubilé en tant que touristes, mais ils sont attaqués et capturés par une Sentinelle.